Comparado à Abrolhos o Arquipélago dos Alcatrazes,
situado a aproximadamente 45 km do porto de São Sebastião, é um santuário que
abriga diversas espécies de aves marinhas refugiadas ali em época de
reprodução. Além disso, é refúgio de baleias-de-bryde (animais que chegam a ter
15 metros de comprimento e 25 toneladas de peso), orcas, golfinhos e
tartarugas.
Formado pela Ilha Principal, sua maior formação
denominada Ilha dos Alcatrazes; pelas ilhas da Sapata, do Paredão, do Porto e
do Sul, além de quatro outras ilhotas não nominadas, cinco lajes e dois
parceis, Alcatrazes, apesar de tanta beleza, só para ser vista de longe, pois
sua ilha principal serve de centro de treinamento para a Marinha do Brasil.
Atualmente a legislação ambiental proíbe terminantemente
a pesca, o fundeio e o mergulho, mesmo recreativo, num raio de dez quilômetros.
Somente é autorizada a atividade de mergulho em casos especiais, como por
exemplo, para pesquisadores.